Épidémiologie moléculaire des souches de Mycobacterium Tuberculosis
Épidémiologie moléculaire des souches de Mycobacterium Tuberculosis
Écrit par: Yared Merid, Elena Hailu, Getnet Habtamu, Melaku Tilahun, Markos Abebe, Mesay Hailu, Tsegaye Hailu, Daniel G Datiko, Yimtubezinash Woldeamanuel et Abraham Aseffa
Publication: Journal de l'infection dans les pays en développement 30 septembre 2021 OID : 10.3855/jidc.14742
Abstract
Introduction
La compréhension de l'épidémiologie de la tuberculose est limitée par le manque de données de génotypage. Nous avons cherché à caractériser les modèles de tests de sensibilité aux médicaments et la diversité génétique des isolats de M. tuberculosis dans le sud de l'Éthiopie.
Méthodologie
Une étude transversale a été menée auprès de patients tuberculeux à frottis positif nouvellement diagnostiqués visitant neuf établissements de santé du sud de l'Éthiopie de juin 2015 à mai 2016. Trois échantillons consécutifs d'expectorations (spot-matin-spot) par patient ont été examinés à l'aide de bacilles acido-résistants. microscopie de frottis avec tous les échantillons à frottis positif ayant des cultures de bacilles acido-résistants réalisées. Les isolats de M. tuberculosis ont subi des tests de sensibilité aux médicaments à l'aide de la méthode des proportions indirectes et ont été génotypés avec une analyse de délétion RD9 et un spoligotypage. La cartographie de la souche a été réalisée à l'aide d'un système d'information géographique.
Résultats
Parmi 250 patients nouvellement diagnostiqués comme tuberculeux, 4 % étaient co-infectés par le VIH. Les 230 isolats testés étaient des souches de M. tuberculosis appartenant à trois lignées : euro-américaine, 187 (81 %), est-africaine-indienne, 31 (14 %) et lignée 7 (lignée éthiopienne), 8 (4 %) ; classés en 63 modèles de spoligotypes différents, dont 85% tombaient en 28 groupes. Les souches de M. tuberculosis ont été regroupées par localités géographiques. Les spoligotypes dominants étaient SIT149 (21 %) et SIT53 (19 %). Les tests de sensibilité aux médicaments ont révélé que 14 % des isolats testés étaient résistants à > 1 antituberculeux de première ligne et 11 % à l'INH. SIT 149 était dominant parmi les isolats résistants aux médicaments.
Conclusions
L'étude a révélé plusieurs grappes et souches résistantes aux médicaments de M. tuberculosis dans la zone d'étude, suggérant une transmission récente, y compris de la tuberculose résistante aux médicaments. Une surveillance plus large des tests de sensibilité aux médicaments et une analyse géospatiale des tendances de transmission sont nécessaires pour contrôler la tuberculose dans le sud de l'Éthiopie.