La lutte contre la tuberculose multirésistante au Rwanda surmonte un clone réussi qui cause la plupart des maladies sur un quart de siècle
La lutte contre la tuberculose multirésistante au Rwanda surmonte un clone réussi qui cause la plupart des maladies sur un quart de siècle
Par : Jean Claude S Ngabonziza, Leen Rigouts, Gabriela Torrea, Tom Decroo, Eliane Kamanzi, Pauline Lempens, Aniceth Rucogoza, Yves M Habimana, Lies Laenen, Belamo E Niyigena, Cécile Uwizeye, Bertin Ushizimpumu, Wim Mulders, Emil Ivan, Oren Tzfadia, Claude Mambo Muvunyi, Patrick Migambi, Emmanuel Andre, Jean Baptiste Mazarati, Dissou Affolabi, Alaine N Umubyeyi , Sabin Nsanzimana, Françoise Portaels, Michel Gasana, Bouke C de Jong, Conor J Meehan
Publication : Journal of Clinical Tuberculosis and Other Mycobacterial Diseases ; 24 janvier 2022 ; 27 : 100299. DOI : 10.1016/j.jctube.2022.100299
Abstract
La tuberculose (TB) multirésistante (MDR) pose un défi important dans la gestion et le contrôle de la tuberculose. La résistance à la rifampicine (RR) est un marqueur de substitution solide de la TB-MR. Nous avons étudié les taux de regroupement de RR-TB, la dynamique des populations bactériennes pour déduire la dynamique de transmission et l'impact des changements dans la prise en charge des patients sur ces dynamiques sur 27 ans au Rwanda.
Résultats : Sur les 308 isolats de tuberculose résistante à la rifampicine (TB-RR) de référence considérés pour l’analyse de transmission, l’analyse de regroupement a permis de classer 259 isolats (84.1 %) en 13 clusters. Au sein de ces clusters, un clone dominant unique a été identifié, comprenant 213 isolats (82.2 % des isolats regroupés et 69.1 % de l’ensemble des TB-RR). Ce clone a été nommé « clone résistant à la rifampicine du Rwanda » (clone R3). Les isolats du clone R3 appartenaient à la sous-lignée ougandaise 4.6.1.2 et leur résistance à la rifampicine et à l’isoniazide était conférée respectivement par les mutations Ser450Leu dans le gène rpoB et Ser315Thr dans le gène katG. Tous les isolats du clone R3 présentaient la mutation Pro481Thr, une mutation compensatoire putative dans le gène rpoC, qui a probablement restauré leur capacité de survie. On estime que le clone R3 est apparu pour la première fois en 1987 et que sa population a augmenté de façon exponentielle tout au long des années 1990, atteignant un maximum (environ 84 %) au début des années 2000, avant de diminuer progressivement depuis 2014. En effet, la proportion la plus élevée de clones R3 (129/157 ; 82,2 %, IC à 95 % : 75,3-87,8 %) a été observée entre 2000 et 2013, avant de chuter à 64,4 % (IC à 95 % : 55,1-73,0 %) à partir de 2014. Nous avons montré que les patients chez lesquels un clone R3 a été détecté après un échec de traitement de catégorie 2 étaient plus susceptibles de développer des cas secondaires que ceux chez lesquels un clone R3 a été détecté après un échec de traitement de catégorie 1.
Conclusions : La tuberculose résistante à la rifampicine (TB-RR) est largement transmise au Rwanda. Le test Xpert MTB/RIF, utilisé comme test diagnostique de première intention, permet d’éviter des cycles inutiles de traitement antituberculeux à base de rifampicine, prévenant ainsi la transmission continue du clone R3 dominant. L’intensification de la prise en charge multidisciplinaire et l’accès de tous les patients tuberculeux au test de résistance à la rifampicine ont permis de réduire la prévalence du clone R3 à l’échelle nationale. À notre connaissance, nos résultats constituent la première preuve de l’impact de l’antibiogramme universel sur la transmission de la TB-RR.